Αν και ήταν ο πρώτος από την τότε Γιουγκοσλαβία, ο οποίος χρησιμοποίησε ελληνικά σύμβολα, όπως τον Ήλιο της Βεργίνας στη σημαία του νέου κράτους και επέβαλε τη συνταγματική ονομασία «Μακεδονία», τα τελευταία χρόνια της ζωής του άλλαξε άρδην τη στάση του.
Σε δηλώσεις του το 2008 επιτέθηκε στους συμπατριώτες του εθνικιστές, αλλά και στην κυβέρνηση του Νίκολα Γκρούεφσκι, υποστηρίζοντας πως : «Είμαστε Σλάβοι και ήρθαμε μετά τον Μέγα Αλέξανδρο στην περιοχή».
Απαντώντας σε όσους ισχυρίζονται ότι οι πολίτες της FYROM είναι απόγονοι του μεγάλου Μακεδόνα στρατηλάτη, ο Κίρο Γκλιγκόροφ έλεγε ότι «όλα αυτά είναι αστειότητες», αναγνωρίζοντας πως «το μεγαλύτερο τμήμα της γεωγραφικής Μακεδονίας ανήκει σήμερα στην Ελλάδα».