Η Διοικούσα Επιτροπή του Πανεπιστημίου μας διορίζεται από τον/την εκάστοτε Υπουργό Παιδείας και αποτελείται στην συντριπτική πλειοψηφία από Καθηγητές άλλων Πανεπιστημίων της χώρας. Στα Τμήματα του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας υπηρετούν 88 μέλη ΔΕΠ, 12 ΕΕΔΙΠ και 13 ΕΤΕΠ εκ των οποίων 33 Καθηγητές και Αναπληρωτές Καθηγητές που σύμφωνα με τον νόμο 4009/11 μπορούν να στελεχώσουν τις θέσεις της Διοίκησης του Ιδρύματος.
Με δεδομένο το γεγονός ότι το νέο θεσμικό πλαίσιο δεν προβλέπει σε κανένα ίδρυμα της Τριτοβάθμιας εκπαίδευσης την ύπαρξη Διοικούσας Επιτροπής ως αναβαθμό στην πορεία αυτονόμησης ενός ιδρύματος - κάτι που ίσχυε μέχρι πρόσφατα - θεωρούμε ότι η παραίτηση των μελών της Διοικούσας Επιτροπής υπαγορεύεται από την κοινωνική επιταγή για δημοκρατικά αυτοδιοικούμενη τριτοβάθμια εκπαίδευση.