Το 2000, με τη διακήρυξη για την ίδρυση του διασυνοριακού Πάρκου Πρεσπών οι τρεις χώρες ξεκίνησαν να συνεργάζονται για την προστασία και την αειφόρο ανάπτυξη της περιοχής. Μέσα από τον διάλογο που αναπτύχθηκε τα μέρη συμφώνησαν να εφαρμόσουν τις αρχές της ενωσιακής πολιτικής για ολοκληρωμένη διαχείριση των υδάτων. Δέκα χρόνια αργότερα, το 2010, τα τρία κράτη και η Ευρωπαϊκή Ένωση υπέγραψαν τη διεθνή Συμφωνία για το Πάρκο Πρεσπών, η οποία αποτέλεσε ορόσημο, καθώς προβλέπει την ίδρυση μόνιμων μηχανισμών διακρατικής συνεργασίας.
Σε αναμονή της υλοποίησης της διεθνούς Συμφωνίας οι περιβαλλοντικές οργανώσεις που δραστηριοποιούνται στην Πρέσπα καλούν όλα τα μέρη να αναλάβουν δράση και ειδικότερα:
1. Να διαχειρίζονται το νερό με βάση τα φυσικά του όρια:
με ένα κοινό πρόγραμμα μακροχρόνιας επιστημονικής παρακολούθησης της κατάστασης των νερών
στο πλαίσιο ενός διεθνούς σχεδίου διαχείρισης για τη λεκάνη των Πρεσπών
2. Να ενισχύσουν τη διασυνοριακή συνεργασία και τον διάλογο με:
ƒτακτικές διακρατικές συναντήσεις για τη διαχείριση των υδάτων, όπως ορίζει η διεθνής Συμφωνία
επικοινωνία μεταξύ εξειδικευμένων κλάδων, όπως η επιστημονική κοινότητα, οι παραγωγικοί φορείς, οι τοπικές αρχές και οι ομάδες της κοινωνίας των πολιτών
ανταλλαγή επιστημονικών στοιχείων μεταξύ των κρατών
3. Να ενισχύσουν τις συμμετοχικές διαδικασίες στη διακυβέρνηση των υδάτων με:
εύκολη πρόσβαση των πολιτών σε πληροφορίες για το περιβάλλον
αποτελεσματικές διαδικασίες διαβούλευσης, σε εθνικό και διασυνοριακό επίπεδο
ίδρυση επιτροπών διαχείρισης στις οποίες θα εκπροσωπούνται όλοι οι κύριοι χρήστες νερού από κάθε πλευρά της λεκάνης
4. Να εφαρμόσουν συγκεκριμένα μέτρα και δράσεις σε εθνικό και διασυνοριακό επίπεδο, όπως:
ορθή και αποτελεσματική λειτουργία των συστημάτων ύδρευσης, άρδευσης, επεξεργασίας λυμάτων και διαχείρισης στερεών αποβλήτων
αποτροπή υδρομορφολογικών αλλοιώσεων στις λίμνες και στα ποτάμια
περιβαλλοντικά φιλικές γεωργικές πρακτικές
αντιμετώπιση των επιπτώσεων της κλιματικής αλλαγής
εκστρατείες ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης για τα υδατικά οικοσυστήματα της Πρέσπας
To PrespaNet είναι ένα δίκτυο περιβαλλοντικών οργανώσεων από τις τρείς χώρες που μοιράζονται τη λεκάνη των Πρεσπών. Η Εταιρία Προστασίας Πρεσπών, η MES και η PPNEA ένωσαν τις δυνάμεις τους το 2013, για να επηρεάσουν τις περιβαλλοντικές πολιτικές και να προωθήσουν την προστασία και την αειφορική ανάπτυξη στην περιοχή. Για τον σκοπό αυτό συνεργάζονται και με άλλες διεθνείς οργανώσεις όπως οι: EuroNatur, KORA, Plantlife, SAVE Foundation και Frankfurt Zoological Society.