Ούτε μια, ούτε δύο «ιπτάμενες αλεπούδες» ζουν σήμερα στις Πρέσπες. Εικοσιέξι είδη νυχτερίδων μέτρησαν οι επιστήμονες της Εταιρείας Προστασίας Πρεσπών στην ευρύτερη περιοχή των δύο λιμνών, γεγονός που αναδεικνύει για άλλη μια φορά την τεράστια οικολογική σημασία αυτού του σπάνιου οικοσυστήματος για την άγρια πανίδα. Τα χειρόπτερα (νυχτερίδες) κινδυνεύουν να εξαφανιστούν και οι Πρέσπες, όπως καταδεικνύουν οι μετρήσεις των ειδικών, αποτελούν το καταφύγιό τους. Φέτος, υλοποιήθηκαν για πρώτη φορά φθινοπωρινές και χειμερινές καταγραφές (Οκτώβριο 2010 - Φεβρουάριο 2011) νυχτερίδων στις Πρέσπες, σε συνέχεια των θερινών ερευνητικών αποστολών οι οποίες πραγματοποιούνται συστηματικά τα τελευταία χρόνια.
Η ελληνική ερευνητική ομάδα, σε συνεργασία με επιστήμονες από την Αλβανία και την πΓΔΜ, συνέλεξε πολύτιμα στοιχεία για τις συνήθειες των παρεξηγημένων, αλλά στην πραγματικότητα πολύ συμπαθητικών, θηλαστικών. Το φθινόπωρο διερευνήθηκαν σπήλαια, παλιά κτήρια και εγκαταλελειμμένα σπίτια. Τον χειμώνα η έρευνα επικεντρώθηκε σε σπήλαια κατά μήκος της όχθης στη Μεγάλη Πρέσπα και σε άλλα σπήλαια τα οποία βρίσκονταν κοντά στις λίμνες. Οι επισκέψεις έγιναν με πολύ μεγάλη προσοχή, σε απόλυτη ησυχία και με την ελάχιστη χρήση φωτός, ώστε να αποφευχθεί η όχληση των θηλαστικών, τα οποία τον χειμώνα βρίσκονται σε λήθαργο και δεν πρέπει να ξυπνούν από εξωγενείς παράγοντες, καθώς κάτι τέτοιο μπορεί να αποβεί μοιραίο.
Μεταξύ των τριών εποχών που έγιναν οι καταγραφές παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές στη συμπεριφορά και τις μετακινήσεις των νυχτερίδων. Όπως εξηγεί η βιολόγος της Εταιρείας Προστασίας Πρεσπών κυρία Ειρήνη Κουτσερή διαφάνηκε για ακόμη μία φορά ότι η ζωή τους εξαρτάται άμεσα από τις ειδικές συνθήκες που επικρατούν μέσα στα καταφύγιά τους, όπως είναι η θερμοκρασία, η υγρασία και ο φωτισμός. Παρόλα αυτά, άγνωστο παραμένει ακόμη το που πηγαίνουν το χειμώνα οι μεγάλοι πληθυσμοί των νυχτερίδων, οι οποίες κατακλύζουν τις λίμνες το καλοκαίρι. Οι επιστήμονες που συμμετείχαν στην έρευνα εκτιμούν ότι ενδεχομένως να κρύβονται μέσα σε στενές χαραμάδες και να μην γίνονται ορατές ή να πετούν έως και πολλές δεκάδες χιλιόμετρα μακριά σε άλλες πιο κατάλληλες σπηλιές, με πιο σταθερές θερμοκρασίες, για να περάσουν τον κρύο χειμώνα. Πολύ σύντομα αναμένεται να ολοκληρωθεί η συγγραφή Σχεδίου Δράσης για την προστασία των νυχτερίδων, το οποίο θα υιοθετηθεί από τις τρεις χώρες (Ελλάδα, πΓΔΜ και Αλβανία).
Οι νυχτερίδες που ζουν στην Ελλάδα κινδυνεύουν από τη μείωση του πληθυσμού των μεγάλων εντόμων με τα οποία τρέφονται. Πιθανώς επηρεάζονται και από τη συρρίκνωση και υποβάθμιση των υγροτόπων όπου θηρεύουν (αποξήρανση, ρύπανση, μόλυνση, καταστροφή βλάστησης). Η συντήρηση των κτηρίων καθώς και οι επισκέψεις και επεμβάσεις στα σπήλαια όπου φωλιάζουν, αποτελούν επίσης σοβαρές απειλές. Εκτιμάται ότι οι επιπτώσεις στους πληθυσμούς τους από τις σπηλαιολογικές δραστηριότητες, τις επισκέψεις τουριστών και τις αρχαιολογικές έρευνες είναι καταστροφικές, ιδίως την περίοδο της γαλουχίας αλλά και του λήθαργου. Αρνητικές είναι και οι επιπτώσεις από την απόφραξη των εισόδων σε σπήλαια και ορυχεία για λόγους ασφαλείας.
Στη χώρα μας φωλιάζουν 35 από τα 43 είδη νυχτερίδων που απαντώνται στην Ευρώπη. Σύμφωνα με το Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Ζώων της Ελλάδας οι καταγραφές για ορισμένα από αυτά είναι ελάχιστες στον ελληνικό χώρο. Από το συνολικό αριθμό Χειροπτέρων της χώρας δύο είδη χαρακτηρίστηκαν κινδυνεύοντα (Eptesicus bottae, Barbastella barbastellus), έξι τρωτά, οχτώ σχεδόν απειλούμενα και έντεκα ανεπαρκώς γνωστά.
